19 мамыр 2000 жылы Қазақстан Республикасы Үкіметінің № 766 Қазақстан Республикасы білім және ғылым министрлігінің  «Ұлттық ғылыми-практикалық дене тәрбиесі орталығы» Республикалық мемлекеттік қазыналық кәсіпорынын құру туралы қаулысымен құрылды.
03.04.2018 жылы Қазақстан Республикасы Білім және ғылым министрінің № 130 бұйрығымен Ұлттық орталықты Алматы қаласынан Астана қаласына көшіру жүргізілді.